En los primeros meses del año 2006, el Gobierno del Estado de Tabasco presenta al Gobierno Federal el Estudio de Factibilidad para la Creación de la Universidad Politécnica Mesoamericana, el cual señala que su apertura en la zona fronterizade Tenosique, Tabasco, México y Guatemala, obedece a que ésta es una de las regiones con mayor rezago en el estado,dadas sus condiciones histórico – geográficas que por décadas la mantuvieron al margen de la dinámica estatal. Lo anterior, toda vez que el modelo de las Universidades Politécnicas es pertinente en la zona por su flexibilidad y por ser de educación basada en competencias profesionales, lo que permite a los estudiantes participar activamente del desarrollo de la región mediante proyectos emprendedores y de intervención, en un contexto abundante en áreas de oportunidad como son el comercio nacional e internacional, la agroindustria, la planeación y desarrollo de proyectos y negocios turísticos nacionales e internacionales, así como la explotación sustentable de recursos bióticos y minerales abundantes en esta zona.

Así mismo, enfatiza que los avances en el desarrollo carretero y aduanero de la zona fronteriza de El Ceibo, aunado a los acuerdos y programas ya en marcha para la integración mesoamericana en los Ejes Estratégicos de Desarrollo Económico, Desarrollo Humano, Desarrollo Agropecuario y Desarrollo Sostenible, de las coordinaciones internacionales del Plan Puebla-Panamá, actualmente denominado Proyecto Mesoamérica a partir del año 2008; hacen pertinente y necesario que se cree una institución educativa de nivel superior con el modelo de educación basado en competencias profesionales que permita ser el punto de encuentro, de desarrollo y consolidación de proyectos integrales de desarrollo en la región.

De este modo, el 26 de Septiembre de 2006, se firma el Convenio de Coordinación para la Creación, Operación y Apoyo Financiero de la Universidad Politécnica Mesoamericana, entre el Gobierno Federal y el Gobierno del Estado de Tabasco, en el que se establece que el financiamiento ordinario a esta institución provendrá del estado y la federación en partes proporcionales para cada año fiscal.

Posteriormente, el Gobierno del Estado publicó en el Periódico Oficial del Estado de Tabasco el día 11 de Octubre de 2006, el Decreto de Creación de la Universidad Politécnica Mesoamericana que la avala como un organismo público descentralizado del gobierno del Estado de Tabasco, con personalidad jurídica y patrimonio propios, sectorizado a la Secretaría de Educación, con domicilio social en el municipio de Tenosique, Tabasco.

El 14 de Mayo de 2007, haciendo uso de las facultades que le confieren los artículos 51 fracción II y 52 de la Constitución Política del Estado Libre y Soberano de Tabasco; 5, 21 y 26 fracción II de la Ley Orgánica del Poder Ejecutivo del Estado; inciso B, fracción I y Segundo Transitorio del Acuerdo de Creación de la Universidad politécnica Mesoamericana, el C. Gobernador del Estado, nombra al Mtro. Ariel González Hernández, Rector de la Universidad Politécnica Mesoamericana, quien a partir de entonces se iniciaron los trabajos de conformación de una estructura organizacional administrativa y académica que permitió la recepción de estudiantes a partir del mes de octubre de 2007 en un Curso de Nivelación de Competencias básicas que tuvo como objetivo reafirmar los conocimientos adquiridos por los aspirantes durante su instrucciónpreparatoria, potenciar su espíritu de superación y fortalecer en alto grado su autoestima, de tal forma que al ser evaluados por el Centro Nacional de Evaluación para la Educación Superior (CENEVAL), obtuvieron resultados altamente satisfactorios alcanzando los niveles más altos en las áreas básicas de razonamiento matemático y ciencias naturales.

A partir del día 3 de diciembre del 2007, se realizaron las inscripciones oficiales al primer cuatrimestre Enero – Mayo 2008, rebasando las expectativas esperadas con un total de 265 alumnos inscritos, iniciando actividades el 7 de Enero de 2008con la apertura de tres programas educativos: Ingeniería en Manejo de Recursos Naturales, Licenciatura en Administración de Empresas Turísticas y Licenciatura en Comercio Internacional y Aduanas. El evento de inauguración fue realizado el día 8 de enero en el Centro de Convenciones del Municipio de Tenosique, contando con la presencia de autoridades del Gobierno del Estado y del Municipio, con la asistencia de aproximadamente 1,300 personas incluyendo estudiantes, personal de la Universidad y miembros de la sociedad. Destacó la presencia de comerciantes y ciudadanos de la zona fronteriza el Ceibo.

Las actividades escolares inician provisionalmente en las instalaciones de la Escuela Secundaria Estatal “General Lázaro Cárdenas del Río”, en el turno matutino. Posteriormente y ante el rápido incremento de la matrícula, el campus se extendió a la Escuela Secundaria Estatal “Isidoro Pedrero Sumohano” en el turno vespertino.

El 2 de abril de 2008, se colocó la primera piedra del edificio Unidad de Docencia 1 en el km. 43.5 de la Carretera Tenosique-El Ceibo, instalaciones que fueron inauguradas por el Gobernador del Estado en el mes de octubre del año 2009.